R:是一套完整的数据处理、计算和制图软件系统。其功能包括:数据存储和处理系统;数组运算工具(其向量、矩阵运算方面功能尤其强大);完整连贯的统计分析工具;优秀的统计制图功能;简便而强大的编程语言:可操纵数据的输入和输出,可实现分支、循环,用户可自定义功能。WRF:WRF(Weather Research Forecast)是由Mesoscale and Microscale Meteorology Division of NCAR以及美国其他气象组织联合开发和支持的大型开源气象预报软件。WRF包括多重区域、从几公里到数千公里的灵活分辨率、多重嵌套网格,以及与之协调的三维变分同化系统3DVAR等。WRF数值模式采用高度模块化、并行化和分层设计技术,集成了迄今为止中尺度方面的研究成果。NAMD:NAMD(NAnoscale Molecular Dynamics)是用于在大规模并行计算机上快速模拟大分子体系的并行分子动力学代码。NAMD用经验力场,如Amber,CHARMM和Dreiding,通过数值求解运动方程计算原子轨迹。